ಶ್ರೀ ಮಹಾಗಣಪತಿ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದವನು ಸೋದೆಯ ಅರಸನಾಗಿದ್ದ ರಾಮಚಂದ್ರ ನಾಯಕ.ಮೇಲ್ನೋಟಕ್ಕೆ ಇದು ಆಧುನಿಕ ದೇವಾಲಯದಂತೆ ಕಂಡುಬಂದರೂ ಮೂಲ ಗಣಪತಿ ದೇವಾಲಯ ಸ್ಥಾಪನೆಯಾಗಿದ್ದು ಸುಮಾರು 400 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ.”ಶಿರಸಿ ಖೈಫಿಯತ್ತು” ನಮಗೆ ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಖೈಫಿಯತ್ತು ಬರೆಯಲ್ಪಟ್ಟಿದ್ದು ಸುಮಾರು 200 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ.ಇದರಲ್ಲಿ ನಮೂದಿಸಿದಂತೆ ಶಿರಶಿವೂರು ಮಧ್ಯದಲ್ಲಿರುವ ಗಣಪತಿ ದೇವಸ್ಥಾನವನ್ನು,ರಾಮಚಂದ್ರ ನಾಯಕರು ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿರುವ ಚೆನ್ನಪಟ್ಟಣದ ಕಿಲ್ಲೆಕಟ್ಟು ವಾಗ್ಯೆ ಈ ಗಣಪತಿ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ಕಟ್ಟಿಸಿ ಗಣಪತಿ ಪ್ರತಿಷ್ಠೆ ಮಾಡಿಸಿ ಶಿಮೆಯೊಳಗೆ ಸ್ಥಾಪಿಸಿದ್ದು ಎಂಬುದಾಗಿದೆ.ಇದರಿಂದಾಗಿ ಗಣಪತಿ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ರಾಮಚಂದ್ರ ನಾಯಕನು 1604 ರಿಂದ 1610 ರ ಮಧ್ಯಭಾಗದಲ್ಲಿ ನಿರ್ಮಿಸಿದ್ದು ತಿಳಿಯುತ್ತದೆ. ಕಾಲಾಂತರದಲ್ಲಿ ಮೂಲ ಮಹಾಗಣಪತಿ ಮೂರ್ತಿಯು ಶಿರಸಿ ನಗರಸಭೆಯ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿರುವ ಹಾಲೊಂಡ ರಸ್ತೆಯ ಪಕ್ಕದಲ್ಲಿ ತೂಕದಾರ ಸುಬ್ರಾವ ಮರಾಠೆಯವರ ಗದ್ದೆಯಲ್ಲಿ ಹೂತುಕೊಂಡು ಬಿದ್ದಿತ್ತು. ದೇವಾಲಯದ ಈಗಿನ ಮೊಕ್ತೇಸರ ಮನೆತನದ ಪೂರ್ವಜರಾದ ಆಗ್ಗೈ ಹೆಗಡೆ ಲಿಂಗದಕೋಣ ಇವರಿಗೆ ಸ್ವಪ್ನ ದೃಷ್ಟಾಂತವಾಗಿ,ಈ ಮೂರ್ತಿಯನ್ನು ಗದ್ದೆಯಿಂದ ಪ್ರಸ್ತುತ ದೇವಾಲಯವಿರುವ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ತಂದು ಪುನರ್‍ಪ್ರತಿಷ್ಠಾಪನೆ ಮಾಡಿಸಿ ಒಂದು ಮಣ್ಣಿನ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದರು. ಅದು ಶಿಥಿಲಗೊಳ್ಳಲಾಗಿ 1972ರಲ್ಲಿ ಜೀರ್ಣೋದ್ಧಾರಗೊಂಡಿತು. ತದನಂತರ ಮತ್ತೆ 1994ರಲ್ಲಿ ನವೀಕರಣ ಕಾರ್ಯ ಆರಂಭವಾಗಿ 1997ರಲ್ಲಿ ಮುಕ್ತಾಯವಾಯಿತು. ಇದರ ಗರ್ಭಗುಡಿಯು ಅಷ್ಟಪಟ್ಟಿಯ ವಿಧಾನದಿಂದ ಕಟ್ಟಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ.